商标许可合同没有在商标局备案的，那么第三人就可以以不知者不罪而可能胜诉，让被许可人欲哭无泪。
某沈鸡翅食品有限公司注册“沈”字及拼音字母组成的商标，并与某地区的一家噶莫酒店签订“沈及拼音”商标使用许可合同，并出具授权书，但是协议签订后未送国家商标局备案，因此也就没有公告。
后来，市面上出现了“沈鸡翅”的菜品，于是噶莫酒店起诉到人民法院告侵权，但被驳回诉讼请求。理由就是国家商标局并没有进行备案并发布公告，商标许可人和被许可人之间只有合同效力，而第三人却不知情。只有许可合同送到商标局备案，才能保护合同双方当事人的权利。
商标使用许可合同的备案，最重要作用就是公示，面向群众开展，方便他人查阅，因此，第三人的合法权益是受到保护的。